توصیف پروتئین های محافظت شده فرضی ازxanthomonas citri subsp. citri ، با فعالیت محرک تولید اتیلن درگیاه آرابیدوپسیس FA مقالات فارسی
فلاح زاده ممقاني وحيد
مهندسي ژنتيك و ايمني زيستي مجلد 5, شماره 1, 1395 , صفحه 31-39
(IF=Not Available ,,)
چکیده:
در پژوهش هاي پيشين از بخش خالص شده پروتئوم باكتري xanthomonas campestris pv. campestris (xcc) كه قابليت محرك توليد اتيلن در گياه آرابيدوپسيس را داشت، حدود 60 پروتئين مختلف شناسايي شدند كه از بين آنها هشت پروتئين به عنوان پروتئين فرضي محافظت شده بودند. هدف از انجام اين پژوهش توصيف اين پروتئين ها توسط ابزارهاي بيوانفورماتيك مختلف مي باشد. همه پروتئين هاي مورد بررسي داراي جرم مولكولي متوسطي بودند. پروتئين np_640497.1 با 84/43 كيلودالتون داراي بيشترين جرم مولكولي بود. نقطه ايزوالكتريك (pi) محاسبه شده براي پروتئين ها بين 34/5 تا 5/9 متغيير بود. نوع خانواده هاي پروتئيني و دمين هاي پروتئين ها توسط ابزار پايگاه اطلاعاتي دمين هاي محافظت شده cdd-blast و interpro تعيين شد. از بين موارد مورد بررسي در پروتئين np_640912.1 دمين hth (helix-turn-helix)، از بخش مركزي پروتئين np_640497.1، دمين enoyl_reductase، از پروتئين np_641576.1 دو موتيف متصل شونده به يون كلسيم (ef-hand, calcium binding motif) و در پروتئين np_643454.1 دمين 4-hydroxybenzoyl-coa thioesterase از بالاخانواده hot_dog شناسايي شد. سرور coach براي پيش بيني جايگاه اتصال ليگاند در پروتئين ها مورد استفاده قرار گرفت و ساختار سه بعدي آنها توسط سرور phyre 2 مدل سازي شد. نتايج حاصل از اين پژوهش مي تواند در شناخت بهتر باكتري xcc و همچنين شناسايي پروتئين هايي با خاصيت اليسيتوري از اين باكتري به كار گرفته شوند.
کلمات کلیدی:
زانتوموناس، بيوانفورماتيك، شانكر مركبات، محرك، پروتئين